一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。仁慈的孤儿院女教员绘梨衣与孩子们过着安静的生存，可是她遭到黄金苹果的欢迎，化身为纠缠女神艾莉丝。为了实现扑灭世界的目标，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。伴同纠缠女神一同新生的还有矢座魔矢、竖琴座奥菲斯、南十字星古拉特、神盾座阿恩、奥利安座渣加等五…

神话时代，宙斯之子亚伯妄图统治大地，他自称“太阳神”，声张专横气度轩昂大摇大摆，最终遭到宙斯和阿波罗的扼杀。　　数千年后，亚伯新生，假上天之名欲沉没人类文化，重建众神世界。他约请雅典娜和其合营管辖世界，并用神力新生战死的黄金圣斗士。假意合作的雅典娜试图暗害亚伯，反被其所害。　　星矢、紫龙、冰河等人来至太阳神殿，遭受日晷…