上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）毕竟意想到本人的才能和任务，中弹新生后，变成了无所事事的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，遭到人们的强烈热闹欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼抨击打击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次…

不久的将来，收集黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的实际世界产生了思疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客构造的首级墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告知他，实际世界其实是由一个名叫“母体”的计较机野生智能体系掌握，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思惟，而尼奥就是可以抢救人类的救世主。　　…