小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩突如其来并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类危险过的宝可梦们合营生存，是以很是厌恶人类，但这条神奇的锁链却让他们没法分隔，奇奥的故事就此开端。小智与皮卡丘又将一起开端新的冒险…… 另一方面，在超等机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯获取了常年寻求的最终发明——50…