正在查询拜访坠落在承平洋上的不明飞翔物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），碰到了忽然出现的蓝光，受发光体的影响，致使遗传因子尺度的变质，变成了泼辣的怪兽THE ONE。今后，他（THE ONE）从防卫厅内的特别机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃脱，从此就没了音训。　　另一方面，航空自卫队F15J飞翔员真木舜一（别所哲也），…

宇宙有翼骨兽格兰达出如今了宇宙空间里。SuperGUTS和戴拿奥特曼都在战役中落了下风。危在夙夜早晚之际，TPC极密制作的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。SuperGUTS前往加进，见到了开发负责人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思索数据来模仿人的举动举行战役的，为了获取数据…

在墨西哥的圣克拉拉镇，住着一个十六岁的孤儿萨尔玛。她从未见过亲生父母，人们一直告诉她父母抛弃了她。萨尔玛一生中的大部分时间都在寻找关于父母的身份和下落的线索，但幸运女神似乎从未降临，直到她发现了一本特别的书，里面充满了发生在圣克拉拉的故事以及当地居民的历史。带着这本书，萨尔玛和她的两个勇敢而温暖的养兄弟豪尔赫和佩德罗踏…

经历了迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后的时期，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。与此同时，一道神秘的光朝地球而来，它与一个叫飞鸟信的热血青年融为一体，于是，人们惊奇地看到了一位继迪…