舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了…

迷路的少年，幽灵的少女，在充满传言的旧校舍结下了姻缘，他们在做了让人脸红的事情之后，一起去寻找迷失在校园某处的少女身体，然而他们得到的却是一丝不挂的答案。然而谜团并没有终结，探寻真相的普通少年和幽灵少女再一次站在了一起，等待他们的究竟是如何的未来……