来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市潜躲在重大的防护壁今后，他们欺诳在东京生存的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU构造声势逐步壮大。某日，在同MU剧烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的通俗少年不测的来到了位于东京湾的地下神殿傍边，在这里，绫人见到了巨型机械人“Rahxephon”…

西歷2017年東京上空忽然出現謎之侵进者,其目标一切不明,之後人類與稱之為MU的敵人的超火器戰鬥,世界各國的軍隊均遭到嚴重的打擊,然而在TOKYO JUPITER形成後地球連軍與敵方形成膠著狀態,直到2027年現在MU的潛在危險仍存在著,地球也持續對抗....... 。

公元2012年，ＭＵ族在东京降下，当时的驻日美军和日本自卫队联合对其进行进攻并在后期使用了战术核武器，结果是惨败，ＭＵ族使用TOKYO JUPITER割断了东京与外界的一切联系，地球上的国家组成了地球联合军与之对抗，但是在初期受到了ＭＵ的人形兵器的毁灭性打击，在ＴＥＲＲＡ成立之后，由于对ＭＵ的研究深入和科技发展，双方一度处于胶着状态，…