故事发生在2005年，霸天虎侵占了塞博坦，汽车人在塞博坦的两颗卫星上建立了秘密基地，准备储蓄能量随时将塞博坦夺回来。激光鸟将窃听到的机密报告给霸天虎首领威震天，威震天带领部下来到地球汽车人城发起攻击。

微型传说的战斗已经过了10年。在地球上，汽车人发现了新的能源，被称为能量晶体的奇特能源。与此同时，潜伏于UNICRON残骸中的ALPHA Q率领的恐惧兽军团开始朝着世界各地的能量晶体开采处进攻。也就在此时，威震天转生为惊破天，并重新集结霸天虎成员。世界变成了汽车人，霸天虎和Alpha Q军团争夺能量晶体的战场。

《变形金刚之雷霆舰队》迷你金刚，一种神奇的小型机器人。他们具有一种奇妙的能力，当变形金刚与迷你金刚合体之后，可以极大地提升战斗力。汽车人和霸天虎两方为此展开争夺，战争愈演愈烈，而变形金刚最大的威胁——宇宙大帝，也正向塞博特恩逼近。

汽车人跟霸天虎的战争已经结束了很久。擎天柱和汽车人忙于修复战后破损的太空桥。此时，发现了火种源。然而，收到火种源信号威震天攻击他们的太空飞船。他们的太空飞船在球地坠毁。火种源打碎了以后，很多火种源的碎片被散落到地球各个角落。在底特律，擎天柱和汽车人肩负着保护人类的重任，也肩负着在霸天虎之前找到所有的火种源片的重任，因为…

为了拯救故乡母星，汽车人在宇宙中展开了搜寻。与此同时，邪恶的霸天虎却妄图利用星力之匙的力量称霸宇宙。随着四个隐藏着星力之匙的星球——极速星、猛兽星、地球、巨人星逐一被发现，汽车人与霸天虎之间的激战日趋白热化，各个星球上形态各异的变形金刚相继卷入。