在实现世界性非武装化的2007年，如超当代文化人幽怜所预言:二大怪兽“哥尔赞”及“美尔巴”出现了。在怪兽抨击打击的方针——金字塔内，发了然三座重大的石像。其中两座巨像被怪兽摧毁了。在这死活关头，有着超当代人遗传因子，属于地球和平结合特搜队(TPC) GUTS分队的大古队员全身被光所围困，并融身于剩下的一座巨像内——迪迦奥特曼在“当代…

影片讲述了一个侏儒科学家为了拯救垂死的姐姐而进行了禁忌的人体实验(剧情实在是有够俗)的故事。

两年后，Guts的队长依内美君入了超古代遗迹的调查行列，竟然于遗迹的深处里发现了3个具邪气的古代超人遗像-希特拉，达林及女领袖卡美拉；考古队竟不察觉这3个遗像复活起来。。。。一幕幕充满悬疑、幻觉的事情就此展开！3千万年前，究竟于迪加身上发生什么事？遗迹中的超人村落、迪加的身世谜团，将会水落石出。